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「爱彩吧网址」我科学家开发新算法将基因测序速度提升5倍

阅读:2311 2020-01-11 16:52:20

「爱彩吧网址」我科学家开发新算法将基因测序速度提升5倍

爱彩吧网址,12月9日,中国农业科学院农业基因组研究所阮珏团队在国际期刊《自然·方法学》上发表第三代测序数据组装算法wtdbg,该算法极大地提高了三代基因测序数据的分析效率。实验证实,与2019年4月1日发表在《自然·生物技术》上的flye算法相比,该算法分析速度提升了5倍,并首次将测序数据分析时间降低到少于测序数据产出时间。

阮珏团队介绍,基因组学技术飞速进步既源于测序技术的发展,也依赖于数据分析技术的提高。以三代测序为例,完成一个人的全基因组测序仅需1天时间、费用低于5万元。但是,完成这样数据规模的全基因组组装分析在2014年需要消耗50万个cpu小时,只能在超大计算机集群上进行。这种情况下,同时对大量个体进行组装分析是难以想象的。

近年来,生物信息学领域的科学家们致力于改变这种数据产出速度远高于数据分析速度的尴尬状况,不断开发出更高效的组装分析算法。中国农业科学院农业基因组研究所在成立之初就布局成立组学技术研究中心,致力于将前沿测序技术引入农业科学研究中,阮珏团队多年来始终专注于测序数据分析方法(如组装算法)的开发,力求推动测序数据的分析速度更快、分析质量更高。

本次发表的这项研究始于2013年,系阮珏研究员与美国哈弗医学院的李恒博士合作完成。研究成果自2016年起对所有人免费开放使用,不仅被几十篇学术论文引用,近年来更被国内多家基因测序分析公司作为主要组装分析工具投入应用,并在2019年世界大学生超算竞赛中做为性能测试赛题。(光明日报全媒体记者杨舒通讯员谢欣、赵华)

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